对恐同的起因目前还在广泛的争论当中，但人们基本上支持恐同的信念和态度，是与恐同患者自身的性取向是没有关系的。[來源請求]
生育本能说被认为是恐同最本质的来源。对于父母，孩子如果是同性恋，这将会打破生物繁衍的链条，成为对本家族继续繁衍的潜在威胁。除了宗教，有种观念认为，人在死后其生命会和谐的在其孩子以及孩子的孩子身体裡和谐延续，而同性恋是在破坏着这样一种和谐。[原創研究？]
一些[哪個／哪些？]性學解释道，男同性恋者间的关系通常比女同性恋者间的关系更让人产生强烈的反感。因为恐同者认为他们造成心裡不舒服。同性恋关系一般被认为是自然的挑战。而对“性別角色越界”的惧怕，是恐同另一个最主要的来源。研究报告指出大多数恐同患者对于性别角色有着非常刻板的思想，比如“男性至上主义”加上社會要求男性須具有所謂男性化（masculinity）的特質（如男性需要強健的體質，表現柔弱會被視為女性化）。此外，女性主義興起及同性戀平權運動發展迅速，使原有佔社會主流地位的異性戀男性受到威脅，也是造成男性有更多恐同因素的感因之一。
恐同者大多害怕及反對同性恋者組成家庭（同性婚姻及LGBT收養）會造成社会组织结构的瓦解；再者，多数原佔社會絕對優勢的異性戀男性害怕传统性别角色的颠覆将使他们失去原有的利益、优势地位和特权，导致恐同在男性和女性社会化的过程中被强化。[原創研究？]不同文化的男性已经被惯养出性别优越的观念，即对相对弱势女性的支配，因受宗教影響，女性被視為弱者及關懷的對象，这一观念已经深入到社会生活的每一个层面。当男性发现有传统所赋予他们的特权被挑战的时候，实行“性别角色越界”的男女同性恋则被他们视为是对其切身利益的威胁。
心理学一直认为恐同心理是恐同者压抑对自身同性渴望的一种结果。一个研究显示，恐同者在观看同性性行为的影片时出現性冲动的迹象，比非恐同者還要高。[8][9]
一些组织或个人声明对同性恋的反对，或积极反对，只是因为違反他们的宗教原则及教義，但並不等同歧視同性恋。这种原则鼓吹者通常会对针对同性恋的暴力事件进行谴责，但是在对待同性恋法律地位方面则表现出多种多样的立场，例如近年不少教會常強調他們並不歧視同性戀者，反對同性婚姻只是因為聖經強調婚姻是一男一女，雖然同性戀在教義上是「罪」，但上帝同樣關愛同性戀者。一些人相信这种态度会鼓励恐同者，特別是有宗教背景的恐同者。请参看宗教與同性戀。
一些過去的法律曾经被認為是鼓励或合法化恐同者，例如已經在美國廢除的性悖軌法（2003年被美國最高法院宣布違憲）、英國的28条（英國1988年增訂法律禁止涉及同性戀內容的性教育，於2003年廢除），以及区别对待同性恋和异性恋的同意年龄（這存在較少爭議，因為各國的同意年龄法律不同）。